С скажите, а есть ли такая экскурсия как поездка из Самарканда в Бухару и обратно на поезде?

Поищите на сайте трипстер. Там много различных экскурсий.

Можете просто договорится с гидом и купить билеты на поезд за ранние

Если нет билета то можно заказать машину, договорится на туда обратно