Подскажите, летим в Макао с пересадкой в Шанхае. Получается, что мы сразу идем на трансфер Гонконг/Макао. Где мы должны заполнять arrival card?

Если вы летите в Макао не из Китая, ничего заполнять не надо.

Идете по указателям Международный, Макао, Гонконг

И обратно также.

В первом случае заполнять ничего не надо. При возвращении в Шанхай надо будет заполнить карту.