Подскажите пожалуйста, планируем делать венгерскую визу, заезжать будем в венгрию, можем ли обратно вылетать из другой страны Шенгена?

А кто вам может помешать. Это впускают неохотно, а выпускают с большой радостью, что выехали, не остались. Другое дело, как консул отнесётся к этому, когда следующий раз будете подаваться на венгерскую визу

Можно, подавайте в анкете соответствующий маршрут и езжайте. Это абсолютно законно с т з шенгенского кодекса