Подскажите пожалуйста можно ли в гонконге оплачивать покупки в магазинах Алипэем?

Китайским у вас не получится. Им вы можете платить только в Китае.

только если есть AlipayHK, другой не будет работать

Если есть Китайский юани наличка, то можете в этих местах обменять их на Гонконговские доллары и пополнить AlipayHK. Дальше уже пользоваться им как с обычным Alipay.