Подскажите ,пожалуйста,как обстоят дела с переходом через границу Литвы в Калининград для гражданина Литвы? С какими проблемами сталкиваются и насколько рискованно? и где пересекают?

Нет никаких рисков от слова совсем, у меня приятель с двойным гражданством (второе Литвы) туда-обратно по 2-3 раза за неделю может ходить. Есть просто хорошие знакомые из Литвы, у которых бизнес в РФ и по российской визе без проблем ходят. Главное больше 60 евро налом с собой в РФ не берите, так как литовские же таможенники завернут. Российские пограничники спросят куда и с какой целью едите, иногда даже опрос могут более детальный провести, но в отношении литовцев это редко применяется и в основном в Советске - в Чернышевском это никому не нужно.