Знаю, что есть ограничение перехода со студенческого на рабочий внж Словакии, если нет оконченного образования.

После каждого окончания вуза только

Могу ошибаться, но если закончили бакалавриат на учебном ВНЖ, то сменить цель в этом случае можно. Меня поправят, если я не прав

Можно. В законе прямо написано «нельзя сменить цель, если не имеешь оконченное высшее первого или второго уровня»

Если бакалавриат заканчивали в Словакии, то с любого следующего уровня обучения можно в любой момент поменять внж.