Если заселяться не в резорт, а обычный гестхаус на локальном острове, то будет ли взиматься с меня "зелёный налог" при заселении?

Да.

Налог платит объект размещения Гест свои, отель свои, у вас они включаются в общую сумму размещения. Конечно надо проверять в бронировании, но базово должны сразу включать.