Прилетел в Будапешт, на контроле человек в моем паспорте ручкой над штампом написал номер моей карты ВНЖ) это нормально? Мой паспорт действителен ещё?)

в аргентине нам тоже вручную вписывали количество дней, которое остается до истечения безвизовых 90 дней - думаю, что это не делает паспорт недействительным

это не то, что можно назвать "несакционированной записью"