В прошлом году ездили в Венгрию. На визу подавали авиабилеты в Будапешт и из него. Но по факту из Шенгена выехали через Хорватию. Могут ли быть из за этого проблемы с оформлением визы?

московское консульство или какое?

такие случаи редки, потому что все в основном летят по тем билетам, что подают для визы - и трудно сказать, как отреагирует консул.

подавайтесь на французскую или испанскую визу имхо

Наш случай. Сын в прошлом году подавал документы для визы с билеты в /из Будапешта. Получил годовой шенген ( после однократного и 6 мес). По факту влетел в Будапешт, провел там 5 дней и улетел в Италию еще на 4. Вылетал из Италии. В этом году ( месяц назад) подавал опять на шенген. Никаких проблем из-за прошлой поездке и возвращения из Италии не возникло. Дали опять на год.