Подскажите пожалуйста, как нам с мужем лучше поступить с визой в Германию. Поскольку я буду там студентом, то мне делают национальную визу D.

На поверхности - ему скорее всего откажут, потому что важный фактор при воссоединении - доказательство финансовой самостоятельности внутри Германии. У вас ее нет, т.к. вы студентка и у вашего мужа тоже, потому что "доход за границей не считается надёжным источником для покрытия жизни в Германии", тем более речь идет о компании на территории РФ из которой вывести деньги проблематично. Варианты - поиск работы (blau card), поручительство, блокированный счет....

К студентам не воссоединяют, если нет постоянного дохода.

Как вариант - блокированный счет.

Но Германия крайне не любит тех, кто живет в одной стране, а работает в другой

Искать в Германии работу на английском. При особом везении и на русском найти можно.

Есть варианты легализовать его удаленку в германии, но во первых - его фирма должна в это вовлечена (а надо ли оно им - вопрос), во вторых - примерно половину зп он потеряет.

Вообще удивляюсь необходимости айтишнику так париться. Все приличные места в айти тут англоязычные, а те что чисто немецкие- туда идти лучше не надо