Живу в Калининграде, нужно приехать в Литву чтобы потом добраться в Германию. Есть двойное гражданство ( Израильский загранпаспорт) еду на автобусе.

Вас спросят куда и зачем вы едете и ответы нужно подтвердить документами. Если у пограничника возникнут сомнения, он может вас не пропустить, имеет право. Но это не часто бывает.

У кого российское и второе, иное, гражданство, именно так и выезжают из РФ и въезжают в Литву. Гражданин РФ должен осуществлять въезд/выезд в/из РФ именно по российскому паспорту. Просто российские погранцы попросят показать второй паспорт по которому Вы будете въезжать в Литву, когда они не увидят визу в загране.. Литовские пограничники могут попросить показать российский паспорт, не увидив в Вашем израильском загране штампа российской погранслужбы, но не всегда даже просят - у меня последние несколько раз не просили.