Может кто-то знает, могут пропустить через границу Калининград - Литва с ВНЖ страны ЕС но на машине с российскими номерами??

Без вариантов

Въезд в Литву из области на машине с российской регистрацией запрещен. Только транзит по УТД. И ВНЖ страны ЕС ни на что не влияет, даже граждане Литвы вывезли из Литвы свои машины с российской регистрацией (как ни странно, но такие машины там были - у знакомого литовца без гражданства РФ было целых 2 российских автомобиля в Литве).