Подскажите, существуют ли какие-либо ограничения по времени заезда в отель в ночное время? И как узнать при онлайн бронировании, есть ли ограничения по времени заезда в отель в ночное время?

Смотрите условия по регистрации. Обычно пишут 24h регистрация (24h front desk)

Есть такая вещь, как «ноу шоу», незаезд. Могут бронь отменить без возврата денег. Я обычно при заездах поздно вечером или ночью пишу в отель и предупреждаю. Кроме того, на сайтах бронирования часто есть форма сообщения времени прибытия. На Букинге, например.