Знающие немецкий язык подскажите пожалуйста, как сами немцы понимают Sie или sie, если предложение начинается сначала и с большой буквы?

Да всегда важен контекст.

Я пытаюсь представить в этих ситуациях, как будто они и вы для меня в русском одно и то же. Типа "Их высочество ставит компьютер на маленький стол", только понимая, что в немецком высочество это необязательно про голубую кровь.

Еще, в одной серии игр есть такие фентезийные кошколюди, которые не говорят я/ты, только по имени или указательным местоимением - "Этот каджит охраняет остальных" - в смысле "я охраняю". Ну и польский тоже грешит вежливым третьим лицом :) Короче чем больше изучаешь, тем проще относишься к условностям собственного языка.