Скажите пож, если оформлю визу на южную часть кипра, можно же прилететь как обычно на север и на северных номерах авто с визой поездить по южной ?

Если под визой на южную часть вы имеете в виду визу Кипра, то так делать не стоит. В следующий раз наверняка не дадут, да и эту могут в теории и прямо на границе аннулировать.

Вот если виза чужая для Кипра, то можно без проблем