Подскажите пожалуйста, могу ли я вылететь из Москвы в Стамбул по паспорту РФ, а из Стамбула во Францию по паспорту Молдовы (без виз) и так же обратно ?

Можете, если будете брать единый билет, то берите его лучше на молдавский, при вылете из РФ пограничникам показывайте РФ, а авиакомпании МД. Далее только МД.

Я так 12 лет летаю .по прилёту в Стамбул показываете паспорт Молдовы и дальше везде паспорт Молдовы. Паспорт РФ показываете только пограничникам РФ