Подскажите, А с сертификатом лица литовского происхождения, получив визу в Литву, я могу выезжать в Латвию и Эстонию?

В вашем случае, документом является только Виза. сертификат происхождения это исключительно внутренний "документ" для предъявления только на территории Литвы. Обратитесь в консульство и получите визу.