Подскажите, пожалуйста, правильно ли я понимаю, что можно в Литву попасть только пешком через границу и обратно из Литвы в Чернышевское тоже пешком?

Если вы про Чернышевское, то да

Если вопрос про ПП Чернышевское Кибартай, то его можно пересечь пешком, на автобусе, на машине. В обе стороны. Если про Панемуне Советск, то только пешком.