Если проплыть с Кипра до Турции, то проблем не будет или засчитают как незаконное проникновение в страну?

Если у Вас в паспорте стоит турецкая виза, то никаких проблем точно не будет, либо турецкий паспорт, либо паспорт моряка, либо паспорт гражданина, для которого разрешен безвизовый въезд в Турцию.

Российским гражданам при въезде в Турцию обязательно нужно получить турецкую визу, пусть даже и на границе. Поэтому попасть можно через специальные прибрежные пограничные пункты. А нелегальное пребывание в стране - оно Вам нужно.