Подскажите пожалуйста как получить сертификат о литовском происхождении? (Отец литовец, написано в свидетельстве о рождении)

Точно так же, как и всегда - загружаете все ваши документы (загранпаспорт и доказательства литовского происхождения) в систему мигрис. Все документы, не выданные в Литве (кроме загранпаспорта) нужно перевести на литовский язык. После одобрения можете записываться в консульство Литвы в вашей стране для подачи оригиналов. Потом ждёте примерно год и получаете сертификат.

А отец не гражданин Литвы?

Ставите апостиль на сор, переводите это все (желательно в Литве), потом все документы загружаете в миграция точка лт и ждете одобрения заявки. Как одобрят - показываете оригиналы сор и переводов в консульстве, платите 60евро, ждете сам сертификат - около года. В общих чертах так