Скажите, пожалуйста, если из Гонконга обратно в Китай въезжать с авиабилетом Шэньчжэнь — Шанхай (21ч) — Москва, транзит поставят? Или нужен только прямой билет из Китая в Россию?

Вряд ли. Вы дважды Китай пересекаете.

Если трансфер в Китае 2 раза,то нужно визу делать,даже если не собираетесь выходить из аэропорта. Для безвизового транзита можно делать только 1 трансфер через материковый Китай

Если из Гонконга в Шэньчжэнь на пароме въезжаете через порт Шэкоу, то попадаете под условия безвизового транзита, виза не нужна

Поставят, но надо на пароме в Шэньчжэнь плыть.