Если я указываю пункт выезда из страны один, а по итоге буду покидать страну через другой - выпустят?

Для выезда неважно. Для последующего въезда, если по е-визе, нужно чтобы данный пограничный пункт поддерживал е-визы (то есть был в списке в форме на е-визу)