Подскажите по счетам в Alta банке, у меня счет евро и RSD. Например, у меня на счетах на RSD 500 динар, На eur счете 1000 евро. Если я делаю покупку в обычном магазине например на сумму 5000 динар, то как будут списываться деньги?

Это зависит от настроек аккаунта. Я в своих настройках ничего не менял (а там можно перенастраивать), и в Вашей ситуации если бы я попробовал расплатиться диной, то платеж не прошел бы, а если визой - то из аккаунта списали бы сначала все динары, а потом остатки конвертировали с еврового счета