Прилетаем в Италию 3.00 часа ночи, в Венецию, отель в центре. Подскажите пожалуйста, как комфортно и быстро добраться до него?

Центр - понятие растяжимое. Смотря как далеко от судоходных каналов расположен ваш отель. Комфортно водное такси (ходит ли ночью - другой вопрос. Но если отель далеко от канала, то дальше все равно пешком.

Alilaguna it сайт водного такси, см. часы работы.

Автобусы примерно с 4 утра , в гугл мапс можно подробнее увидеть.

Авт прибывает на piazzale Roma, далее пешком.

Только частным порядком такси/водное такси, алилагуна не ходит ночью

Вы возможно как раз час и простоите в очереди на погран контроле, и как раз и общественный транспорт начнет ходить - водный))