Подскажите, пожалуйста, при провозе животного сухопутным путем через границу Россия-Литва делают какие-то отметки в паспорте или международном сертификате животного?

Обычно проверяют прививки и штамп об осмотре в паспорте и смотрят межд сертификат, сканирую чип. Штампы не ставят.

Сейчас требуют титры на бешенство дополнительно.

Я шла с собакой пешком Кибартай - Чернышевское. Все тщательно проверили, даже придрались к титрам, которые в моем случае на ту дату не нужны были (но мы сделали заранее на будущее). Но чип не сканировали, тк вет контроль сидел со стороны автомобилистов и пропустила так.