Собираемся лететь в Тель-Авив транзитом через Баку а/к Azal, выходить в город не будем. Загранпаспорт- российский.

Проблем быть не должно. Вы купили билеты и летите транзитом. Тут только может быть человеческий фактор банального человеческого отношения. А так не пропустить или не посадить на самолёт не имеют права.

Звоните в AZAL и уточните, там скажут