Подскажите пожалуйста, сейчас летим в Абу Даби , оттуда рейс в Москву. Пересадка там 3 часа . Онлайн мы не регестрировались. Нам нужно проходить проверку паспортов в Абу Даби или там есть стойки регистрации без выхода в город?

Если билет единый и вам сразу оба посадочных дадут, то не надо. Только ручную кладь досмотрят на транзите. Если отдельные рейсы, то с выходом в город

Вы одной авиакомпанией летите? По вашему сообщению кажется, что разными. Если так, то нужно выйти в город, забрать багаж (если он есть) и потом снова на регистрацию.