Семьёй с ребенком 4 года прилетим в Манилу. Планируем на Филиппинах недели 2 побыть.

Однозначно я бы выбрал второй вариант.

Не теряйте время ни на Манилу, ни на Пуэрто-Принцес, у вас всего-то дней. Если деньги позволяют, с Манилы сразу в Эль-Нидо, а оттуда и на другие локации. Если нет, то с Манилы в ПуэртоПр, там машину берите и на порт-Бартон, Эль-Нидо, дальше придумайте сами, мы обратно ещё на Нагтабоне почалились, неплохой пляж, широкий, пальмовый

На остальных островах не были

Здравствуйте. Мы тут сейчас с детьми. Пожили на бохоле в районе Алона бич, посмотрели за день все достопримечательности, поплавали с акулами, и полежали на пляже денек. Нам остров понравился можно было смело еще пару дней там быть и прокатиться по островам рядом. Потом можно вам на боракай, или эль нидо, но эль нидо, логистика чуть сложнее, нужно будет на машине 5 часов от аэропорта проехать)