Маршрут Лондон-Таллин, бизнес-трип. Паспорт российский с швейцарским шенгеном. Поделитесь пожалуйста опытом, если кто ездил . Как заезжали, были ли проблемы с проходом пограничного контроля или внутри страны?

Какие бы ни были отчёты, всегда сохраняется доля риска, что вас не пустят или не посадят на рейс. Возьмите транзитный перелет (Лондон-Париж-Таллин например) и летите спокойно - тут проблем не будет

Если будете влетать напрямую, через границу в Эстонии не пропустят (и, скорее всего, в самолет не посадят). Влетайте в шенген не через Эстонию, а через государства, которые не вводили ограничений для держателей паспортов РФ.