Сообществу, кто летал в Кишинев через Турцию, какие проблемы стоит ожидать на пересадке в Турции, подскажите кто знает?

Никаких. Только рассчитаете время пересадки и прохождения контролей, чтобы успеть на регистрацию следующего рейса. Еще в Анталье может возникнуть необходимость перейти между терминалами, это 2,5 км и 5 евро на такси или 30 минут пешком. А так когда из России и Молдовы в Турцию летают чартеры с включенным в билет багажом это часто намного дешевле получается, чем прямой билет через Ереван или Баку.

Проблем нет, главное, смотрите, чтобы был один и тот же терминал

Никаких, всегда так летаю. Главное берите интервал пересадки по дольше если есть багаж , так как надо будет его получать и сдать обратно. А если нет багажа берите интервал 3 часа и через транзитную зону проходите без выхода в город . Главное за ранее регистрироваться на рейс Стамбул Кишинев.

Смотря в каком городе пересадка. К примеру, в Стамбуле есть два аэропорта в разных частях города, и это нужно учитывать, если билеты приобретены под разными бронями. Если один и тот же аэропорт, то задача упрощается.

Летел 07.09 Москва - Стамбул - Кишинев. Никаких проблем. В Стамбуле проходишь границу. Ждёшь самолёт, потом опять на контроль и на посадку

В случае наличия билетов разных авиакомпаний помимо задержки есть риск внезапной отмены рейса на каком-либо сегменте. Нужно быть готовым к потере денег и/или времени. Имелся отрицательный опыт с Pegasus, за 10 часов до вылета сообщили об отмене рейса и перебронировании билетов на следующий день без согласия.