Пополнил карту РСХБ на 40 000 рублей, в банкомате на Шри-Ланке показал баланс 108 000 рупий, в итоге удалось снять только 99 000 рупий (банкомат взял комиссию всего 400 рупий). Куда делись ещё 9 000 рупий ? Это комиссия РСХБ такая?

Никуда не делись, просто банк резервирует определенный процент на изменение курса валюты за период с момента авторизации (снятия вами денег) до фактического списания их со счета — как правило, в течение 3 дней. Остаток будет рассчитан по актуальному курсу на момент списания.