Подскажите пожалуйста на Booking оплатить картой Мир можно или нет? Или может есть какой нибудь по лучше сайт для выбора отеля?

Нет, конечно миром нельзя.

Но там есть часть отелей с оплатой при заселении.

По такой опции можно.

А так: пользуйтесь российскими сайтами типа островок.

Агрегаторами туроператоров (выбирая только отель, часто дешевое выходит); трипком (на них принимают российские карты)

Trip com, карты Мир принимает

Можно списаться с отелем через букинг и договориться об оплате во время заезда. Но с египтянами договариваться... Такое себе. Я через островок дважды успешно бронировала по хорошей стоимости.