Через 2 недели после репатриации в Израиль жене с детьми нужно будет полететь обратно в РФ. На каком основании пустят обратно, если штамп в рос.загранпаспорте о прибытии в Израиль не поставили?

Выезд и въезд граждан РФ в Россию только по российскому паспорту. Не имеет значение наличие или отсутствие штампов других государств, ведь у вас, согласно российскому законодательству, может быть гражданство других государств, и въезжать - выезжать вы можете в другие государства по другим паспортам.

Израиль не ставит штампы. Выдается талон

А при чем здесь пустить обратно и штамп? Они просто въезжают по своим паспортам и все. Наличие или отсутствие штампов значения не имеет.