Подскажите пожалуйста, заехал по Шенгену с северного Кипра на южный Кипр, штамп о въезде не ставили. Хочу вылететь из Ларнаки в Грузию. Кто-то так делал? Есть какие-то санкции за такое?

есть конечно. Так можно делать только если у вас паспорт ЕС.

С точки зрения Южного Кипра вы не въезжали (штампа о въезде нет и в системе ваш въезд отсутствует). И при проверке паспорта в Ларнаке на вылете вы получите "незаконный въезд". а штамп о въезде вам не поставили, потому что "зеленая линия", разделяющая ЮК и СК, не является границей. Вообще странно, что вас там не развернули.

Стартуйте обратно на СК и вылетайте от туда.