Подскажите такой момент, сделал новый паспорт. Старый аннулирован но в нем но в нем стоит виза, пропустят ли на границе в Литву?

Да

Берете старый паспорт, в котором виза, и едете

Вы же сами написали, старый с визой аннулирован. Это уже простая бумажка

Нужны оба паспорта. У меня была такая ситуация - показывала оба паспорта.