Подскажите, в банкоматах каких банков в Индонезии лучше снимать наличку? Карта зарубежного банка ( американского).

Единой комиссии нет. Все банки по разному, Пермата например 50тр хочет за транзакцию, а Maybank ничего :)

Максимум 3 млн, обычно на таких банкоматах написано, что там купюры по 100 000.

если вы хотите снимать в долларах. евро и прочем нужно иметь счет в соответствующей валюте в местном банке. тогда можно запрашивать суммы и приходить брать наличкой в той валюте в которой счет