Я гражданка России, вылетаю из Стамбула в Женеву, с дальнейшим направлением во Францию. На руках виза для посещения Франции, для Швейцарии визы нет.

в Стамбуле точно проблем не будет.

В Женеве тоже, там вроде и за Францию штампы ставят, если я не ошибаюсь. В Женеве проблем на будет.

Я уже ездил туда с неоткрытой визой другой страны с целью пребывания в Швейцарии. Поэтому у вас проблем точно не будет