Лечу Амстердам -Дубай-Кипр-Москва По 2-м паспортам молдавский и российский, подскажите на какой паспорт лучше оформлять билет и где по какому вылетать?

Ну если в российском паспорте у вас есть Шенгенская виза, то можете и по нему лететь. Если нет, то явно молдавский

Из Амстердама - по тому, по которому въезжали (логично предположить, что молдавский).

В Дубай и из Дубая по РФ (с молдавским виза нужна).

В Кипр и из Кипра по молдавскому.

В Москву по РФ.

Билеты можете брать на любой, но авиакомпании могут просить второй паспорт для подтверждения, что вы сможете пересечь границу без визы в пункте назначения.