Расскажите, если у меня два паспорта - Израиль и РФ с визой; то 90 дней на Кипре по ним отдельно считать ?

Дни считаются человеку, а не паспорту

Если вы заехали по паспорту РФ,то потом должны через 90 дней выехать по этому паспорту. И сразу же можете въезжать по паспорту Израиля.