Подскажите пожалуйста, снимали деньги через union pay газпром банк и постоянно он давал снять на пару тысяч меньше чем было.

Раз не вернулся, значит за время пока деньги были заморожены, курсы валют изменились в худшую для вас сторону и при окончательном расчете тот холд "ушел" на погашение разницы. В некоторых случаях счет может и в минус уйти, если холда не хватит (технический овердрафт). Для ясности смотрите выписку по счету, там все подробно видно.

Проверьте все операции по карте через выписку (вкладка Ещё в приложении ГПБ)