А в теории, если будут с букинга забронированы аппартаменты / квартира, а не отель — это хуже для прохождения границы Мексики?)

Особой разницы нет, главное, чтобы хозяин квартиры поднял трубку и подтвердил бронь, если будут проверять. Главное, чтобы бронь была и лучше оплаченная. Тут вам виднее, но нужно иметь ввиду, что в нормальном отеле точно трубку снимут, а хозяин квартиры не факт. Либо нужно его предупредить, что могут звонить в такое то время. Совсем не факт, что будут проверять, но если будут, отсутствие ответа от аппартаментов может стать проблемой.

Я бронировал хостел в Канкуне, и в бронировании кажется не были даже указаны контакты. Я с ними связывался через букинг, оставил им свой номер, чтобы они мне писали на ватсап.

При мне в хостел не звонили.

Номер для связи с хостелом у меня был, но с таким же успехом это мог быть номер друга из Мексики.