По электронной визе через Кибартай попадаю в Калининградскую область. Дальше самолетом в Питер. Это ведь внутренний рейс? В Пулково уже не будут проверять? Возвращаюсь обратно таким же путем.

Только что так летели, Калининград- Москва, возвращались Питер - Калининград, никаких проблем. Границу переходили и туда и обратно через Панемуне Советск

Да внутренний. Паспорта смотрят но не пограничники а службы аэропорта)