А из Ташкента до Бухары лучше как добираться и потом в Самарканд?

Поездом. Ходят очень часто. Лучше попробовать купить билеты на скоростной Афросиаб, но они в дефиците. Но можно и на более медленных добраться, с ними проще

Есть поезда, есть самолёты. Из поездов есть Шарки (скорые поезда вроде Ласточек) и Афросиабы (вроде Сапсанов), на вторые билеты дорогие и в дефиците.

Самолёты стоят средне между Афросиабом и Шарком, если хотите время сэкономить - летите на них