Живем в Германии, ВНЖ, гражданство Россия и Израиль. Сын 16 лет хочет один полететь в Москву с пересадкой в Турции.

Из Германии вылетать не надо согласие родителей с подтверждением от нотариуса. Хватит заполненный бланк на языках тех стран куда летите, подпись родителей и копии паспортов родителей. По Евросоюзу можно детей уже в 12 лет одних садить на прямой рейс.. с пересадкой и возвращением из РФ не знаю. Обращайтесь к авиакомпании, они вам всё скажут. Обычно надо оформлять у них опекунство над несовершеннолетним во время перелёта (посадка на самолёт, пересадка, передача ребёнка ответственным лицам при посадке в цели пребывания)