Подскажите, пожалуйста, прилетаем на Филиппины ночью в 1:30, получится заселиться по факту прибытия, приехав в отель? Кто-нибудь сталкивался с этим?

Если это полноценный отель а не ресорт или апарты, то они круглосуточно работают, об этом обычно написано в описании

Обычно в приложении пишут круглосуточная ли стойка регистрации или нет. Но непонятно где вы букали

Каждый отель сам устанавливает время заселения - выселения, одного правила нет. При бронировании это обязательно указывается. Если приезжаете позже установленного времени, могут не заселить - персонал работает в соответствии с установленными для заселения часами.