Подскажите, с кипрской визой можно пересечь литовскую или эстонскую границу с Россией?

Нет, конечно

Кипр в шенген не входит, так что и литовцам и эстонцам в принципе все равно на наличие/отсутсвие кипрской визы в паспорте

Во-первых, литовская транзитная виза - это выезд из КО и обязательно выезд из Литвы в РБ/РФ в течение 24 часов. Ну и обратно. Именно в и из Литвы, а не в и из шенгена.

Во-вторых, Кипр вооооообще в этой цепочке никак не участвует, даже если бы был в шенгене.

В-третьих, Кипр не в шенгене и литовским/эстонским/немецким/финским и так далее пограничникам ровным счетом все равно на наличие кипрской визы