Подскажите может кто-нибудь делал второй загранпаспорт (не возвращаясь в Россию) на Бали??

Второй паспорт делают в посольстве. Если оно ещё не переехало на Бали, тогда придётся ехать в Джакарта.

В Джакарте, в посольстве, как и в любой другой стране мира. Но понятное дело сроки изготовления паспорта сильно выше, чем в РФ.