Могу ли гражданка Литвы пересечь границу России с литовскими номерами и пребывать в России, то есть у меня ВНЖ бессрочный. спасибо.

Можете. Таможня РФ потребует залог на полную таможенную стоимость за а/м заплатить при въезде в РФ. При выезде - вернёт. Причина - Ваш ВНЖ в РФ (регистрация места жительсва в РФ).