Если вылет в 16:45 из Касы,успеем ли пройти регистрацию и контроль ,если приедем на поезде,который приходит в аэропорт в 13:35? И могут ли отменить поезд в аэропорт?

Если поезд не задержится то успеете. Вы только садитесь так чтобы быть в голове поезда. Чтобы быстро выскочить. Там проход через контроль очень медленный и желательно быть в начале