Вечер добрый. такая ситуация: прилетел в РФ из Израиля, предъявлял даркон, поставили штамп и получил миграционную карту.

Нет, вы не можете вылететь по даркону. По закону вылет возможен только по паспорту РФ, всё остальное на ваш риск

Если есть внутренний паспорт РФ можете выехать через 3ю страну куда россиянам можно по внутреннему паспорту

Как я понимаю, если вы гражданин РФ, то по закону вы должны предъявлять паспорт РФ (ну, или равный по значимости документ РФ) каждый раз когда пересекаете границу РФ. Все остальные варианты пересечения границы — это нарушение правил.

Опишу свою ситуацию, прилетел в РФ по даркон, дали миграционку, пока был тут получил восстановил паспорт РФ (даже без него ты всё ещё гражданин, если гражданство есть), никаких проблем с превышением времени нахождения в стране не было. Даже если нет загран паспорта, но находиться в стране будешь достаточно, что бы успеть его получить и вылететь по российскому загран, никто ничего не спросит.

Мы дочери делали как-то ускоренно загран в такой ситуации, просто показали обратный билет, и нам пошли навстречу. Возможно, реально ускорить процесс за деньги.